Przewodnikiem Bruce'a na drodze poznania jak funkcjonuje umysł przestępcy jest tajemniczy Ducard (Liam Neeson), który ćwiczy go w uzyskaniu fizycznej i umysłowej dyscypliny, które da mu siłę do walki ze złem, które ślubował zniszczyć. Wkrótce zechce zwerbować go w swoje szeregi Liga Cieni, potężna, rebeliancka, grupa śmiałków, którą kieruje enigmatyczny przywódca Ra's al Ghul (Ken Watanabe). Po powrocie do Gotham, Bruce zastaje miasto zniszczone szerzącą się przestępczością i korupcją. Wayne Enteprises, niegdyś należący do jego rodziny bastion filantropijnych ideałów w biznesie, teraz jest w rękach dyrektora generalnego Richarda Earle'a (Rutger Hauer), człowieka bardziej zainteresowanego zyskami firmy niż służeniem dla dobra ogółu. Tymczasem bliska przyjaciółka Bruce'a z dzieciństwa, Rachel Dawes (Katie Holmes), obecnie Zastępca Prokuratora Okręgowego, nie może uzyskać skazania najbardziej notorycznych przestępców, ponieważ wymiar sprawiedliwości jest tak głęboko skażony przez szumowiny takie jak boss przestępczego światka, Carmine Falcone (Tom Wilkinson). A na dodatek wybitny psychiatra z Gotham, dr Jonathan Crane (Cillian Murphy), wspiera linię obrony opartą na rzekomej niepoczytalności zbirów Falconego w zamian za występne przysługi, służące jego własnym niecnym celom. Z pomocą zaufanego kamerdynera Alfreda (Michael Caine), detektywa Jima Gordona (Gary Oldman) - jednego z nielicznych uczciwych funkcjonariuszy w siłach policyjnych Gotham- oraz Luciusa Foxa (Morgan Freeman), sojusznika w dziale Nauk Stosowanych firmy Wayne Enterprises, Bruce Wayne uwalnia swoje budzące grozę alter ego: Batmana, zamaskowanego bojownika, który wykorzystuje siłę, intelekt i wachlarz najnowocześniejszych rodzajów broni do walki ze złowrogimi mocami, które grożą zniszczeniem miasta.